彼得·帕克的俠客生活正值春風得意：夢中女孩瑪麗·珍心甘情愿地投入了他的懷抱，紐約城尊他為“蜘蛛英雄”，《號角日報》的記者工作沒了障礙，還能時刻以蒙面英雄身份懲治所有罪犯！然而，平靜的背后總隱藏著驚人的暴風雨！好友哈里已然察覺出帕克便是殺死父親的兇手，在密室里發現“綠魔”裝備的他，一番痛苦掙扎后，決定繼承父親衣缽變身“二代綠魔”，要蜘蛛俠血債血償；另外，從監獄逃脫的弗林特·馬克意外變成了威力巨大的“沙人”，而此人恰恰與帕克最敬愛的本叔叔的死脫不了干系。
內憂外患接踵而來，而某個夜里，一個神秘的外星生物更侵入了蜘蛛俠的戰衣！原本紅藍相間的正義“蜘蛛”，瞬間化作黑色的邪惡，帕克的力量更加強大，然而他的思想也開始受到侵襲，向著黑暗轉變。偏偏帕克此時又開始和可愛的實驗室搭檔格溫·史黛茜眉來眼去，愛恨交織之下，帕克越來越傲慢憤怒，并開始傷害那些真正關心他的人。無獨有偶，對史黛茜心存愛慕的報社記者埃迪·布魯克亦“有幸”得到了黑色蜘蛛服，對蜘蛛俠又恨又嫉的他，就此化身邪惡的“毒液”！蜘蛛俠必須再次作出選擇：是直面嚴峻的挑戰，拯救危難的紐約城？還是墮向黑暗，任憑復仇之心吞噬自己？