野心家白賴仁（李子雄 飾）為了實現控制人類的夢想，派出手下甲賀忍者領袖虎大介追殺菊池博士，成功搶走了他身上的“赤盒”——一個收藏著菊池發明，可以反抗任何病毒的藥苗“人類”之小盒子！菊池死后，白賴仁才發現世上只有一個叫高比（黃子華 飾）的潦倒音樂家才擁有打開“赤盒”之能力，遂派虎大介生擒高比，另一方面，菊池徒弟伊賀女忍者香也發誓要完成師傅遺愿---“殺高比”，而另一邊，伊賀派芭蕉先生卻派愛徒小靈（黃圣依 飾）保護高比，免落入壞人手上。三路人馬碰頭，展開龍爭虎斗，高比夾在當中，叫苦不已。最后小靈趁著虎大介對香手下留情的剎那機會，帶著二人殺出重圍，逃回霧隱村。原來香和虎大介是青梅竹馬戀人，礙于門派斗爭，有情人難成眷屬。香唯有暫在芭蕉家養傷。