航一和龍之介兩兄弟因為父母離異而天各一方。小學六年級的航一跟著媽媽住在鹿兒島娘家，媽媽忙著找工作，外公經營一家和式糕點鋪子，外婆則熱衷于學草裙舞。小兩歲的龍之介則跟著當樂手的爸爸生活在福岡博德。兄弟倆一直想方設法讓父母和好，希望一家四口能再度團聚。　　這天，航一聽說了一個消息：貫通鹿兒島和博德的九州島新干線即將全線開通，開通那天從博德南下的飛燕號和從鹿兒島北上的櫻花號首次交錯而過的瞬間將會發生奇跡，據說那是時速高達260公里的交錯，會產生巨大的能量，目擊這一刻的人能夠實現他的愿望。　　航一非常高興，認為看到了一家重聚的希望，他立刻和同學阿佑、阿真一起查地圖，查出列車交錯點是在熊本。隨后航一興沖沖地打電話給弟弟，不料龍之介卻顯得興趣缺缺。龍之介不像哥哥那樣留戀一家四口在大阪的生活，如今他過得相當不錯，在班里有了不少新朋友，給老爸的演唱會打雜也很有意思。航一決定拋開弟弟「單干」，和阿佑阿真一道認真地構想起「奇跡計劃」。與此同時，在同班的惠美、蓮登和環奈的勸說下，龍之介也改變了態度，他打電話向哥哥道歉，表示要加入奇跡計劃。　　終于到了出發的日子，航一等人帶著幸知老師的鼓勵，躲過阪上老師的阻撓，坐車到達了熊本川尻站，不久龍之介和幾個女孩子一起也在對面的站臺下了車。孩子們開始尋找能看清新干線交錯的高處。奇跡的一刻即將來臨……