機動警察劇場版1999年的東京，從建築施工現場到人們的日常生活，處處都可以見到一種被稱為“Labor”的大型機器人。面對Labor相關犯罪與日俱增的局面，警察局成立了特殊車輛二課，配備專門機器人PatLabor，負責處理特殊事務。 Labor到了更新換代的時期，作為機器人大腦的電腦操作系統升級為HOS。正在這時，突然發生多起機器人失控事件，機動警察小隊負責調查此事。他們發現這是由與HOS有關的電腦病毒所導致的，而??肇事者已經銷毀了所有資料行踪不明。在東京灣，製造巨型海上方舟以解決東京土地問題的巴比倫計劃已經到了關鍵時刻，那裡集結了全國45%的Labor機器人，這些機器人一旦失控後果將不堪設想……