劇場版《魔法的禁書目錄恩底彌翁的奇蹟（暫譯）》是《魔法的禁書目錄》系列動畫的第一部電影動畫，作為ASCII Media Works創立20週年的紀念作品，於2013年2月23日上映。該劇場版是由原作者鐮池和馬擔當故事原案和構成的完全新作，講述在學園都市製作的宇宙升降機“恩底彌翁”完成在即之時，上條當麻和茵蒂克絲與擁有“奇蹟”的歌聲的少女鳴護阿麗莎相遇，然而阿麗莎卻是會引發魔法世界和科學世界之間的戰爭，故事也由此展開。