「雷公雷之傳說」是日本官方為了宣傳水晶版電玩而在2001年12月30日放送的年末特別節目，此故事完全跳脫小智的劇情動線，由水晶版的男女主角擔綱演出，除了經典的戰斗場面外，本篇還加入了平常難得一見的戀愛元素。

    健太是一名帶著火暴獸四處旅行的訓練家，途中，他與青梅竹馬的瑪莉娜在神奇寶貝中心巧遇，而後竟意外目擊到火箭隊使用奇怪的裝置捕捉森林裡的野生電氣系神奇寶貝！原來，火箭隊這次把矛頭對準了電氣系神奇寶貝的守護神--傳說神奇寶貝「雷公」，他們新開發出的裝置「水晶力場發電系統」能夠吸引電氣系神奇寶貝接近，並且具有吸收、反彈電擊的能力，無論多強大的電系神奇寶貝，一靠近都無法安然離開。

    正當電氣系神奇寶貝們陷入危機之時，雷公出現了……！面對頂尖的邪惡科技，電氣系中最強大的神奇寶貝雷公是否能成功粉碎火箭隊的陰帜兀慷�雷公對健太表現出的防備與敵意，又是怎麼一回事呢？少年與傳說神奇寶貝的邂逅，將締造神奇寶貝世界中最深刻的新世紀傳說！