放眼望去，故鄉變成風雪交加、蠻荒寒冷的山野，蓋諾賽克特們心中升起無比的悲涼與絕望。 "我想要回家！"抱持著這樣深深的執念，五隻蓋諾賽克特朝向大都會紐特市進發。與此同時，另一隻傳說中的神奇寶貝超夢（高島禮子配音）通過精神力量注意到了蓋諾賽克特們的行踪和意圖。與這五隻尋家的神奇寶貝一樣，超夢也是藉助人類之手誕生世間的神奇寶貝，此時她的心中若有所思。另一方面，持續進行修業之旅的小智（松本梨香配音）、天桐（宮野真守配音）、艾莉絲（悠木碧配音）正在造訪紐特市。為了保護神奇。為了保護神奇寶貝，該市致力修建的神奇寶貝山莊即將完工。寶貝們快樂地在自由都市的每一個角落玩耍嬉戲，目睹這一場景的小智一行甚為歡喜。突然，快樂祥和的氣氛被充滿悲憤的蓋諾賽克特所破壞。它們將所見之物一律視為敵人，果斷無情地發起猛烈攻擊，紐特市頓時陷入前所未有的混亂之中。危急關頭，超夢及時現身，與蓋諾賽克特展開對抗。 "它們與我一樣，是本來不應該出現在這個世界上的神奇寶貝！"與蓋諾賽克特們感同身受的超夢，竭盡全力保護著紐特市和這裡的同伴與人民。人造神奇寶貝之間史無前例的對抗，戰火肆意蔓延，超夢體內蘊藏已久的力量也被喚醒，戰鬥朝著不可預知的方向發展。