百萬巨鱷劇情主要圍繞“巨鱷”展開。
　　主人公王小星讀小學四年級，與在派出所當片警的爸爸王大偉相依為命。小星最好的朋友叫阿毛，是捕鱷高手“光頭劉”養的一只鱷魚。身長八米的阿毛雖然樣子很兇，但其實對人很友好。
　　鱷魚園經營不善，愛鱷如命的“光頭劉”為了讓園中的鱷魚能在更好的環境中生活，忍痛將 ... 他們轉賣。未料卻中了黑心商人趙大嘴的奸計，令無辜的鱷魚們陷入更大的危機。
　　面臨即將失去生命的威脅，巨鱷阿毛奮起反抗逃出了牢弧�
　　巨鱷在逃跑途中吞下了打工歸國的女子溫燕（徐熙媛 飾）的皮包，包里有她辛苦攢下的十萬歐元現金。這錢本是準備結婚用的，可她剛一歸國就發現了男友出軌的證據。
　　兩頭落空的溫燕報了案，非要王大偉找到鱷魚不可。
　　事態逐漸擴大，全鎮進入緊急戒備狀態，捕鱷成了頭等大事。趙大嘴得知巨鱷肚里有百萬現金，便私下組織了一支捕鱷小分隊偷偷上山去追抓鱷魚。
　　巨鱷的命邥�怎樣？小星和阿毛能否渡過難關？劇情跌宕起伏，引人入勝。