中國醫術，已有數千年歷史，這便是一個發揚中國醫道的故事！永樂年間，惠帝撤藩，燕王朱棣揮軍入京，惠帝失蹤，朱棣即位，勵精圖治，國泰民安。
   平常，活潑佻脫，鬼主意多多，專門以假醫術騙人賺點小錢，遇上了好酒不羈的赤腳大夫王九，二人本是冤家，后來，平常發現王九醫術高明，遂拜王九為師，望能習得驚世醫術，以便財源滾滾。農草堂在醫神大弟子、當今太醫院使段天命的撫養下長大成人，醫術高超，是眾人眼中未來太醫院使之繼任人選。平常及草堂萍水相逢，兩名性格迥異之人，卻成了好友，雖然平常習醫時間雖短，卻具特殊天份，對醫道每有創見，令草堂也為之側目，二人遂成了醫道上的對手。
   天命有一女兒素問，患有精神分裂癥，一時是陽光開朗的素問，另一時卻是冷傲孤僻的靈樞，兩種性格皆不知對方的存在，如兩個不同的人，占用一個身體。可麻煩事出現了，平常愛上了素問，草堂卻喜歡上了靈樞。一個牽涉三個人的四角戀，令人不知所措，就在此時，太醫考劾之期將到，平常及草堂皆努力去爭取，同時一個奪朝篡位之陰郑�正靜靜地利用太醫院展開，而他們兩個身陷莫大危機中而不自知……