總是滿臉笑容的神秘教師VS對他懷有殺意的高IQ學生們……壯烈的戰斗開幕了！！《消除老師的方程式》的舞臺在東大升學率極高的東京都內升學校“帝千學園”。其中三年D班集中了成績優秀的學生。但是，成為三年D班班主任的教師全都在短時間內精神受創，進而辭職……實際上，這個班上聚集了一群將大人逼入絕境、以看他們崩潰為樂的學生！以接近完美犯罪的形式，不必弄臟自己的手就能毀掉班主任。而田中所扮演的新班主任·義澤經男來到了這個充滿黑暗的高分班級。總是滿臉笑容的義澤，就算聽到學生帶著惡意的發言或者提問也總是面帶笑容地回答，甚至遭受學生的物理攻擊而受傷之后，不知為何依然是笑瞇瞇的。然后，不知為何非常熟悉學生們的隱私信息的義澤……面帶“笑容”去指導學生。另一方面，學生們的行動越發激化，甚至制定計劃要殺掉義澤——義澤為什么會出現在這所學校呢！？義澤到底能面帶笑容忍受學生設下的陷阱到什么時候呢！？在學校這個封閉的空間里，教師和學生展開了戰斗。