故事發生背景略微是在未來了。網絡世界「Digimon World」和「Digital Monster」的存在被確認下來。數碼世界和數碼獸研究的第一人·大門英(だいもんすぐる)，開始努力探知數碼獸的生態，然而通過研究，得知其中有少數的惡性數碼獸存在。因此政府為了對數碼獸采取對策，設立了「數碼世界特別搜查部隊·DATS（Digital Accident Tactics Squad）」。