賽德克·巴萊(上)太陽旗故事起始于19世紀末，世居臺灣島上的高山原住民賽德克族，向來以恪守祖先訓示，遵循四季流轉的方式，過著狩獵、農耕、編織、等各式傳統的山林部落生活。　　然而，自1895年（清光緒21年、日本明治28年）起的臺灣日治時期，日人為了豐富的山林礦業資源，對各原住部落采行嚴酷的理蕃政策，賽德克族逐漸被迫失去自己的文化與信仰，男人必須搬木頭服勞役，不能再馳騁山林追逐獵物；女人必須低身為日本軍警家眷幫傭，不能再編織彩衣。最重要的是，他們被禁止紋面，完全失去成為“賽德克·巴萊”的傳統信仰圖騰，無法成為“真正的人”。驍勇善戰的賽德克族馬赫坡社首領莫那·魯道，見證了30年來的壓-迫統治，看著族人過著苦不堪言的日子，心中反抗的種子逐漸萌生。　　1930年秋冬之交，正是一切勞役最焦熱的時期。少數原住民為節省體力，使用鐵索將木材由山上滑曳到地面，日本警察發現后，將賽德克族人鞭打成遍體鱗傷，族人們反抗與復仇的意念在心中滋長。某日，馬赫坡社一對青年男女結婚了，好不容易舉辦一場讓族人忘卻痛苦的酒宴，新任的日本駐警卻來巡視。莫那·魯道的長子達多·莫那（Tado Mona）熱情招呼日警喝酒，卻因手臟而莫名其妙地遭了一頓打；憤恨不平的達多·莫那協同兄弟巴索·莫那（Baso Mona），把那位新任駐警打得頭破血流。因一場誤會種下日警和賽德克族的緊張關系，自此馬赫坡社便生活在日警報復的陰影里。幾天后，一群年輕人圍繞著莫那·魯道，強烈要求他帶領大家反擊日本人。莫那·魯道在“延續族群”和“為尊嚴反擊”之間思索良久，這時，他看見了圍繞在身邊這群年輕人的臉，他們幾乎都是一臉白凈、沒有賽德克圖騰的孩子。于是，他下定決心，并告訴那些年輕人： “日本人比森林的樹葉還繁密，比濁水溪的石頭還多，可我反抗的決心比奇萊山還要堅定！”—莫那·魯道莫那·魯道在片中更是語氣堅定地對著族人吟唱：“孩子們，在通往祖靈之家的彩虹橋頂端，還有一座肥美的獵場！我們的祖先們可都還在那兒吶！那片只有英勇的靈魂才能進入的獵場，絕對不能失去……族人啊，我的族人啊！獵取敵人的首級吧！霧社高山的獵場我們是守不住了……用鮮血洗凈靈魂，進入彩虹橋，進入祖先永遠的靈魂獵場吧…” 上集：太陽旗　　其中，上集以象征日本的〈太陽旗〉為名，由1895年日軍占領臺灣開始，演至1930年霧社沖突，并醞釀著眼于霧社公學校事件爆發前后的描述。　　昭和5年10月27日（西元1930年），臺灣總督府為紀念北白川宮能久親王薨去，而舉行臺灣神社祭，霧社地區則照例舉行聯合邉訒�。當聯合邉訒�開幕，所有日人、警察及其眷屬齊聚公學校之際，賽德克霧社群之馬赫坡、荷戈、波亞倫、斯庫、羅多夫、塔羅灣等六部落賽德克族人，由霧社群馬赫坡社頭目莫那·魯道率領發難。　　當日清晨，霧社公學校（現今臺電萬大電廠霧社分部）邉訒�，由能高郡守小笠敬太郎主持開幕典禮，其他日本人都前來觀禮，這時候預先埋伏的塞德克勇士，在莫那·魯道攻擊號令下，立刻展開猛烈的突襲，在一陣毫無預警的混戰中，將邉訄鰞�134位日人一一撂倒砍殺。　　另一方面，莫那·魯道命令次子巴索·莫那（Baso Mona）潛入馬赫坡山取材地、襲擊日警，并命長子達多·莫那（Tado Mona）潛入馬赫坡社警察駐在所，亦將日警及其眷屬全數格斃。后分成數隊，切斷日人對外的所有電話線路，陸續襲擊各部落之警察駐在所，擄護彈藥、槍械。藉此向霧社地區的各個部落宣告，反暴統治之圣戰已經開打，終致紛紛群起向應。　　在震驚憤怒之余，日軍旋即調度派遣駐扎臺中、花蓮的步兵與警力，區分兩路向霧社方面挺進；莫那·魯道率領族人抗敵纏斗、輾轉退守馬赫坡石窟。一場雙方分別為了資源與報復圍剿、祖靈與靈魂尊嚴的異族戰端，就此揭開序幕…… 下集：彩虹橋　　下集〈彩虹橋〉則進一步描述日軍大隊兵力進犯，與莫那·魯道帶領賽德克族浴血抵抗的過程，并深入刻畫族人從容犧牲后，越過彩虹橋回歸祖靈的故事。　　接續上集賽德克族發動公學校沖突事件，致使日人遭遇殖民占領以來最大的統治危機后，日本駐臺陸軍少將鎌田彌彥銜命調動高達三千名以上的軍警，挾以山炮、機槍等優勢武力，聯合前往霧社討伐。　　另一方面，原先對部落友善的巡查小島源治，也因自己的妻兒在邉訄錾纤烙诜敲�，憤怒痛苦地完全失去理智，而強迫莫那·魯道的世仇、屯巴拉社頭目鐵木·瓦力斯出兵，協助日人打這場毫不擅長的山區游擊戰。　　然而，世代山居的賽德克族熟悉當地絕壁地勢，導致增援的日軍部隊始終久攻不下，傷亡無數。眼看清剿不力，日軍于是改以派遣飛機投擲毒氣彈，形成了原住民以獵槍、柴刀、木棍等原始武器，對抗飛機、大炮的局勢。經過近一個月的激烈對峙，抗日族人死傷慘重；賽德克婦女此時也為了使自己孩子、丈夫無后顧之憂，于是紛紛先行上吊自縊；殘存的男人們則在臉孔紋上賽德克記號，誓死抵抗、寧死不屈。　　原本發誓要一天拿下霧社的鎌田彌彥，至此也不得不衷心佩服莫那·魯道的驍勇善戰，深深感嘆：“三百名戰士抵抗數千名大軍，不戰死便自盡……為何我會在這遙遠的臺灣山區見到我們已經消失百年的武士精神？……是這里的櫻花開得太艷紅了嗎？” 　　為了靈魂自由，不懼犧牲戰死的賽德克族人與勇士，越過彩虹橋、回歸祖靈的旅程也于焉展開……