高中生名偵探－工藤新一，某一天在調查事件途中，被兩個身份不明的黑衣男子強灌毒藥，致使身體縮小成兒時模樣。為了找尋這兩個黑衣男子，新一不得已化名為“江戶川－柯南”，隱藏身份潛伏在女朋友(小蘭)家中，想借助小蘭的父親(毛利小五郎)來找尋黑衣男子，不料毛利小五郎不但對新一找尋黑衣男子沒有幫助，還是個冒失的迷糊偵探，新一實在看不過去，只好幫助毛利小五郎破了許多案子!唉!不知何時新一才能恢復原來面貌