東京奪還編、開戦。謎の少年?スティグマ率いる“アマラリルク”との戦いを経て少し成長したシャイ。島國に戻ってきた彼女が出會ったのは、忍者の里から家出中という?女?天王寺曖だった。彼女は“アマラリルク”の一員を追って里を出てきたとシャイに告げる。そんな中、東京が突如�球に包まれて消掉する事件が発生。ヒーローたちは東京を救出するため出動するーー。