1999年，墜落地球的龐大除夕隕石奪往了整個大陸。與此同時，地球外生物WORM亦開始活著界各地滋長。為了對抗在一瞬間部署了廣泛地區的WORM，人類創建了對WORM組織ZECT。ZECT開發出幪面超人系統，投進戰場與WORM展開激戰，時間就在這場戰爭中渡過了七年。2006年，在這個戈壁化的地球上，部分ZECT的成員因為不滿組織的束縛而結成獨破團體NEOZECT，而ZECT亦開始對這群反叛者進行肅清。就在這時，天道總司，即是假面騎士KABUTO的出現，令戰局產生極大除夕變化。ZECT總部得到一顆巨型冰塊彗星正在湊近地球，於是提出「天空之梯子計劃」，於大除夕氣層的太空站設置巨型CLOCKUP機器，製造轉移空間把彗星拉往地球，製造出莫大除夕的水源。透過這個計劃，ZECT的權力就會越趨龐大除夕，足以部署地球。ZECT利用連接地球跟宇宙的軌道電梯發動「天空之梯子計劃」，而...