編劇嚴歌苓表示，不同於電影版改編自同名中篇小說，電視劇版改編自她後來再創作的長篇小說，因此將更加符合原著，各個角色也將呈現得更加完整。與電影版不同，很多情節都要重新設置，電視劇版會增加“前史”和“後史”，人物故事也會有一些改編。如小說中的揚州法比會在電視劇裡登場，玉墨不會說英語，她沒有凋零而是作為戰後倖存者參與了大屠殺清算，而女學生書娟也比電影版更陰鬱；劇中胡歌飾演的陸軍少尉戴濤，將和小宋佳飾演的玉墨展開一段愛情故事；《四十九日·祭》的故事從南京大屠殺事發前一周寫起，加起來一共49天，而這49天也正好是中國傳統中人去世後特殊的祭奠日，由此構成了該劇劇名。