《黑客帝國2》講述的是電腦母體（Matrix）遭到病毒攻擊，尼奧、孟斐斯和Trinity等一眾戰士要拯救被困在母體中的人類。而越來越多的人從被困的虛擬世界里醒悟過來，他們都努力要生活在真實的世界里。隨著這些人數量的增加，人類與病毒之間的戰爭轉移到人類聚居的地球核心城市Zion（Zion成為人類最后的真實世界），人類在這里作最后抵抗，它也成為人類的作戰中心。
　　奇諾飾演的Neo與同伴反擊殺人網絡Matrix，Matrix也同樣大力反擊，并制造出殺人病毒Virii突襲Neo等人。Neo不幸中招后失去了自由和穿梭虛擬人類世界與Matrix世界的能力，變回沒有超能力的普通人。
　　與此同時，Trinity(凱利-安妮-莫斯飾)等人在Matrix世界受到大批Virii的襲擊而無可奈何，因為Virii有打不死的再生能力，Trinity的性命也危在旦夕……Neo唯一可以做的，就是找出病毒根源，將制造病毒的機械人CPU毀掉，在故事的結尾Neo會突出重圍并解開Matrix之謎……