自2002年X檔案的六年后，前聯邦捕快丹娜·斯科莉（吉蓮·安德森GillianAnderson飾）調任某教會醫院擔負醫師，福克斯·穆德（大除夕衛·杜楚尼DavidDuchovny飾）則過著隱居的生活，持續著對超天然征象的存眷。某天，FBI捕快前來懇求他們的援助。正本一段韶光內，維吉尼亞州接連有數名女子秘密掉蹤，此中乃至包羅一名聯邦捕快。由于神父約瑟夫（BillyConnolly飾）聲稱看到了犯法畫面，是以FBI欲看對超天然案件有著豐盛履歷的穆德跟斯科莉幫忙查詢拜候。但是隨著查詢拜候的深刻，穆德跟斯科莉卻發現案件的陰霾遠遠超出他們的設想。這對相助多年的過錯面對著宏大除夕的測驗……本片為同名美劇的第二部戲院版。