徽衷诮舆B不斷的窮兇極惡犯罪事件下的日本。沒有官方設立的諜報機關的日本，對國內外的犯罪集團來說是一個極易下手、管制寬松的好地方。為了打破現狀，警察廳內組建了一支名叫“k?13”的部隊。k?13”的行動只有個別相關人士知道，并在檔案上抹去了他們在這個世界上的存在。以被稱為“Code:Mirage”的頭號特務為首，“k?13”的成員需要背地里處理的不僅是窮兇極惡的犯罪事件，還有出于政治原因和社會原因不能明面解決的犯罪行為。另一方面，人們以美國的FBI為目標，力求設立類似的警察機關.